มหาวิทยาลัยได้ออกแบบตุงประจำมหาวิทยาลัยขึ้นเพื่อให้เป็นตุงชัย อันแสดงถึงความสามารถในการดำเนินกิจการให้
สำเร็จลุล่วงและได้นำลายตุงมาประกอบเป็นส่วนหนึ่งของเสื้อครุยวิทยฐานะ ของมหาวิทยาลัย โดยองค์ประกอบของ
ตุงประจำมหาวิทยาลัย เป็นเครื่องหมายแห่งชัยชนะ และความเป็นสิริมงคลอันสูงยิ่งมาประดับไว้บนแถบสำรดของ
ครุยวิทยฐานะของมหาวิทยาลัยในแถบตุงมีลักษณะลายและความหมายดังนี้
ลายปราสาท หมายถึง สวรรค์ชั้นดาวดึงส์
ลายหนู หมายถึงปีประสูติของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี ตรงกับปี พ.ศ.2443
ลายพญานาค หมายถึงสัตว์ที่ปรากฏในศิลปวัฒนธรรมล้านนาตามตำนานเป็นสัตว์ที่พิทักษ์พุทธศาสนา
ลายเสือ หมายถึงปีที่ก่อตั้งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ตรงกับปีขาล พ.ศ.2541
ดังนั้นครุยของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงจึงมีเอกลักษณ์และหมายถึงความสำเร็จและชัยชนะของบัณฑิต
ผู้สวมใส่ และมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นมหาวิทยาลัยแห่งเดียวที่นำเอาตุงศิลปะตุงล้านนามาประดับบนครุย
