ศิลาตราสัญลักษณ์ชื่อมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ประดิษฐานทางเข้ามหาวิทยาลัย ซึ่งเกิดจากแนวคิดของอธิการบดี รศ.ดร.วันชัย ศิริชนะ ที่จะให้ป้ายชื่อมหาวิทยาลัยบริเวณทางเข้ามหาวิทยาลัย โดยใช้ตราสัญลักษณ์ของมหาวิทยาลัยเป็นเอกลักษณ์ บ่งบอกถึงสถานที่ตั้งของมหาวิทยาลัย โดยลักษณะเป็นหินแกรนิตสีเทาเพียงก้อนเดียวจากเหมืองจังหวัดตาก มีขนาดประมาณ 10 ตัน สูง 4.30 เมตร กว้าง 2.70 เมตร และส่งไปแกะสลักที่ตำบลอ่างศิลา จังหวัดชลบุรี โดยมีนายบุญมา ทิพย์มน และนายวิรัตน์ ปะติปัง จากบริษัทรุ่งเรืองศิลาทิพย์ จำกัด เป็นผู้แกะสลักพร้อมจารึกประวัติมหาวิทยาลัยไว้ที่ฐานของศิลาสัญลักษณ์ด้วย
เมื่อวันพฤหัสบดีที่ 12 พฤษภาคม 2548 มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดพิธีประดิษฐานตราสัญลักษณ์ มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ณ บริเวณสามแยก หน้ามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง โดยมีรศ.ดร.วันชัย ศิริชนะ เป็นประธานในพิธี โดยการจัดสร้างตราสัญลักษณ์ครั้งนี้ได้รับการสนับสนุนจำนวนเงินจาก คุณสงคราม ชีวประวัติดำรงค์ โดยพิธีเริ่มจากพิธีทำบุญทางศาสนาเพื่อความเป็นสิริมงคล โดย พระราชสิทธินายก เจ้าคณะจังหวัดเชียงราย หลังจากนั้นอธิการบดี รศ.ดร.วันชัย ศิริชนะ พร้อมด้วยรองอธิการบดีฝ่ายวิจัยและบริการวิชาการ รศ.ดร.เทอด เทศประทีป รองอธิการบดีฝ่ายปฏิบัติการ ผศ.ปริตนา ประทีปเสน และคุณสงคราม ชีวประวัติดำรงค์ เทคอนกรีตฐานตราสัญลักษณ์ นอกจากนั้นยังมีผู้บริหาร พนักงานและนักศึกษา ต่างพร้อมใจกันเทคอนกรีตฐานตราสัญลักษณ์ และผู้บริหารพร้อมด้วยนักศึกษาร่วมกันถ่ายรูปเป็นที่ระลึก ตราสัญลักษณ์มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงนี้ ตั้งอยู่บริเวณทางเข้ามหาวิทยาลัย มีลักษณะโดดเด่นเป็นเอกลักษณ์ โดยแกะสลักจากหินแกรนิตสีเทาก้อนใหญ่เพียงก้อนเดียว