มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงโดยสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพได้จัดพิธีทำบุญอุทิศส่วนกุศลแด่อาจารย์ใหญ่เป็นครั้งแรกเมื่อวันอังคารที่ 8 กรกฎาคม พ.ศ. 2551 ณ อาคารปฏิบัติการทางวิทยาศาสตร์ 6 (S6) โดยมีรองศาสตราจารย์ ดร.วันชัย ศิริชนะ อธิการบดีมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นประธานในการประกอบพิธี
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดพิธีทานหาแม่ฟ้าหลวงเป็นประจำทุกปี ในวันที่ 18 กรกฎาคม ของทุกปี เพื่อแสดงถึงความจงรักภักดี ความกตัญญูกตเวทิตา และสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของสมเด็จพระศรีนครินทราบรมราชชนนี
มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงได้รับการสถาปนาเป็นมหาวิทยาลัย ตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง พ.ศ.2541 ในวันที่ 25 กันยายน 2541 จึงถือวันที่ 25 กันยายนของทุกปีเป็นวันสถาปนามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง
การทอดกฐินเป็นประเพณีที่อยู่คู่กับพุทธศาสนิกชนไทยมาช้านาน ตั้งแต่สมัยสุโขทัย การถวายผ้าพระกฐินของพระมหากษัตริย์นั้นจัดเป็นพระราชพิธีที่สําคัญ เรียกว่า กฐินหลวง ส่วนพระกฐินพระราชทาน เป็นผ้าพระกฐินที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ พระราชทานให้ส่วนราชการ รัฐวิสาหกิจ องค์การ สมาคม มูลนิธิห้างร้าน และประชาชนทั่วไป นําไปถวายแด่พระภิกษุสงฆ์จําพรรษา ณ พระอารามหลวงทั่วราชอาณาจักร ปีละ 1 ครั้ง มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงเป็นหน่วยงานหนึ่งที่ได้สืบทอดประเพณีอันสําคัญยิ่ง โดยเริ่มตั้งแต่ปี พ.ศ.2543 – ปัจจุบัน
พิธีพระราชทานปริญญาบัตรครั้งแรกของมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง จัดขึ้นที่หอประชุมสมเด็จย่า มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ในวันอังคารที่ 3 กุมภาพันธ์ พุทธศักราช 2547 นับถึงปัจจุบัน มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้จัดพิธีพระราชทานปริญญาบัตรจำนวน 15 ครั้ง
การดำหัว ในความหมายทั่วไปของชาวล้านนาหมายถึง “สระผม” แต่ในพิธีกรรม โดยเฉพาะในเทศกาลสงกรานต์ของทุกๆ ปี หมายถึง การชำระสะสางสิ่งอันเป็นอัปมงคลในชีวิตให้หมดไป ด้วยการใช้น้ำส้มป่อยเป็นเครื่องชำระ